Détection de Helicobacter pylori et recherche de résistance à la clarithromycine

BIOSAPIENTIA introduit en France le kit de PCR en temps réel HP-CLA développé par la société SML Genetree (Séoul, République de Corée) pour la détection de Helicobacter pylori et la recherche des principales mutations responsables de la résistance à la clarithromycine.

L’infection à H. pylori est l’infection bactérienne chronique la plus répandue dans le monde, on estime qu’environ 4,4 milliards d’individus sont positifs à H. pylori. En France, d’après la Haute Autorité de Santé (HAS), l’infection par H. pylori concerne 15 à 30 % de la population française avec une prévalence qui augmente avec l’âge. Cette infection est impliquée dans l’étiologie de diverses maladies gastro-intestinales, allant de la gastrite chronique active sans symptômes cliniques à l’ulcération gastroduodénale, l’adénocarcinome gastrique et le lymphome du tissu lymphoïde associé à la muqueuse gastrique. Des études suggèrent également une association entre l’infection par H. pylori et le cancer de l’estomac.

La clarithromycine est l’un des antibiotiques les plus utilisés pour le traitement des infections à H. pylori, et la résistance à la clarithromycine est le facteur le plus important pour prédire l’échec de l’éradication. Une étude récente du Centre National de Référence des Campylobacters et des Hélicobacters (CHU Pellegrin, Bordeaux) a montré que la prévalence de la résistance primaire à la clarithromycine en France est de 20,9%, les génotypes A2142G et A2143G étant très majoritaires (>99% des mutations de résistance).

La recherche de Helicobacter pylori et des éventuelles mutations à l’origine de résistance (clarithromycine,.) par amplification génique sur biopsies gastriques a été inscrite dans la dernière révision de Nomenclature des Actes de Biologie Médicale (NABM version 83, code 5237).

HP-CLA est un test de diagnostic in vitro RT-PCR multiplex en temps réel destiné à la détection qualitative et à la différenciation simultanées de la bactérie Helicobacter pylori et des mutations ponctuelles les plus fréquentes responsables de la résistance à la clarithromycine (A2142G, A2143G) dans le gène de l’ARNr 23S de H. pylori à partir de l’ADN extrait de biopsies de tissus gastriques et de FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded). Le kit HP-CLA présente d’excellentes performances analytiques, avec une limite de détection pour H. pylori et les mutations A2142G et A2143G de 3.604, 4.174 et 4.626 copies/µL, respectivement, dans les biopsies de tissus gastriques, une sensibilité clinique de 100% (IC 95% : 98,06 – 100) et une spécificité clinique de 100% (IC 95% : 94,56-100), et une répétabilité et reproductibilité faisant apparaitre des CV < 5%. Le kit est marqué CE-IVD, validé sur l’instrument PCR en temps réel CFX96TM Dx (Bio-Rad), et compatible avec les thermocycleurs Applied Biosystems™ QuantStudioTM 5 et 6 Flex (ThermoFisher), et ABI 7500 (ThermoFisher). Le kit Ezplex® HP-CLA permet d’obtenir jusqu’à 96 résultats en 90 minutes, avec une interprétation des résultats automatique grâce au logiciel d’analyse de données Genetree Viewer.

A propos de SML Genetree

Implanté à Séoul en République de Corée, SML Genetree développe et commercialise des tests de diagnostics moléculaires (PCR multiplex et NGS) dans le monde entier. SML Genetree est une filiale de Samkwang Medical Laboratories (SML), l’un des plus grands laboratoires commerciaux de diagnostic in vitro en Corée du Sud depuis 1985.

Détection de Mycoplasma genitalium et recherche de résistance aux macrolides

La détection de Mycoplasma genitalium (Mgen) associée à une recherche de résistance aux macrolides permet une thérapie guidée par la résistance

Mycoplasma genitalium (Mgen) est un agent d’infection sexuellement transmissible responsable d’urétrites non gonococciques (UNG) et de cervicites, et est associée à une maladie inflammatoire pelvienne (PID)4. La prévalence des infections à Mgen dans la population générale varie de 1 à 3 %, avec une incidence accrue chez les hommes atteints d’UNG (15-25%)9,12. Mgen est plus répandu que N. gonorrhoeae et présente des symptômes cliniquement similaires à ceux de la chlamydiose, ce qui entraîne des traitements potentiellement erronés et une résistance accrue13,14. L’augmentation des taux de résistance aux antibiotiques associée à une prévalence plus faible dans la population générale justifie que les directives actuelles recommandent de ne pas dépister Mgen dans les populations asymptomatiques6,8,9

L’apport de la thérapie guidée par la résistance est cliniquement démontré dans l’amélioration du taux de guérison et la prise en charge globale des patients4. La détection de la résistance aux macrolides permet d’accélérer la guérison, empêchant la transmission continue5. Les tests de résistance aux macrolides sont recommandés par les directives internationales, britanniques, françaises, américaines et australiennes sur l’infection à Mgen6-11

Le 21 Juillet 2022, la Haute Autorité de Santé (HAS) a émis un rapport d’évaluation en réponse à une demande de l’Union nationale des caisses d’Assurance maladie qui souhaitait que la HAS se prononce sur l’opportunité de l’inscription de deux actes (recherche par test d’amplification génique de Mycoplasma genitalium d’une part, et des mutations de résistance de ce mycoplasme aux macrolides d’autre part) et de radiation d’un acte (recherche des mycoplasmes par culture) sur la nomenclature des actes de biologie médicale, dans le contexte du diagnostic des infections génitales basses à type d’urétrite ou de cervicite18. Sur la base de l’ensemble des éléments recueillis et analysés, concordants entre eux, la HAS estime médicalement pertinent, dans le contexte des infections génitales basses [IGB], de :

  • Rechercher genitalium par un test d’amplification d’acides nucléiques (TAAN) sur prélèvement urogénital, dans les contextes suivants :
    • en présence de symptômes d’IGB à type d’urétrite ou de cervicite aiguë ;
    • en présence de symptômes d’IGB récurrents ou persistants, en particulier lorsque genitalium n’a pas été recherché auparavant ;
    • chez les partenaires sexuels actuels des patients infectés par genitalium ;
    • pour le contrôle microbiologique post-traitement de l’infection à M. genitalium, à réaliser à environ trois semaines de distance de la fin de traitement de l’infection.
  • Rechercher par TAAN les mutations de résistance aux macrolides de genitalium, lorsque ce mycoplasme a été détecté dans un prélèvement urogénital

La HAS précise que la technique employée doit être capable de détecter au minimum les mutations de résistance aux macrolides les plus fréquentes, c’est-à-dire localisées dans la région V du gène de l’ARN ribosomal 23S de M. genitalium, et en particulier les mutations A2058G et A2059G18.

A propos de ResistancePlus® MG

Développé et fabriqué par la société SpeeDx Pty Ltd (Sydney, Australie), ResistancePlus® MG est un test qPCR multiplex pour la détection de Mgen et de cinq marqueurs de résistance à l’azithromycine, validé pour une gamme de types d’échantillons, y compris les écouvillons anorectaux16. Ce test utilise les technologies propriétaires PlexPCR® permettant des performances en multiplex améliorées par rapport à d’autres tests basés sur des sondes17. ResistancePlus® MG fournit des recommandations d’orientation thérapeutique, permettant aux cliniciens de prendre des décisions de traitement éclairées. Il est cliniquement démontré que la thérapie orientée par la résistance augmente le taux de guérison global des patients1.

Une solution flexible et économique pour votre laboratoire

  • Un test en puit unique, combinant la détection de Mgen et la résistance aux macrolides – un net avantage par rapport aux tests de détection seule
  • Aisément implémenté dans votre flux de travail existant, réduisez le temps d’obtention des données de résistance
  • Conditionnement adapté au débit de votre laboratoire, minimisant le gaspillage de réactifs
  • La solution complète comprend un logiciel validé pour l’analyse automatisée des résultats et le traitement simple des échantillons. Prise en charge de diagnostics de routine rapides avec contrôle qualité, bases de données interrogeables, piste d’audit et traçabilité des utilisateurs. Haute sécurité et conforme au RGPD avec compatibilité SIL.

A propos de SpeeDx

Fondée en 2009 à Sydney où se concentre l’essentiel de la R&D, SpeeDx est également implantée à Londres et Austin. PlexPCR® est le moteur de toute la gamme de produits SpeeDx, utilisant deux technologies propriétaires innovantes : PlexZyme® et PlexPrime®. Cette technologie permet une qPCR multiplex haute performance. L’objectif principal de SpeeDx est de combattre le mauvais usage et la surconsommation d’antibiotiques et permettre aux cliniciens de mettre en œuvre la thérapie guidée par la résistance (RGT). Ainsi, SpeeDx est la première société à avoir développé des tests (ResistancePlus®) qui simultanément détectent la bactérie et identifient les marqueurs associés à la sensibilité ou à la résistance aux antibiotiques. Cette approche innovante du diagnostic, en un seul test, fait partie des recommandations internationales notamment pour les infections à Mycoplasma genitalium (IUSTI-Europe 2021) et a été récemment validée par la HAS en France (Avis n°2022.0046/AC/SEAP du 21/07/2022).

La gamme de tests proposée par SpeeDx comprend :

  • ResistancePlus® MG : test RT-qPCR multiplex pour la détection en un seul puit de Mycoplasma genitalium et de 5 mutations 23S rRNA associés à une résistance au macrolides (A2058T, A2058C, A2058G, A2059C, A2059G)
  • ResistancePlus® GC : test RT-qPCR multiplex pour la détection en un seul puit de Neisseria gonorrhoeae (opa et porA) et des séquences gyrA S91 (sauvage) et gyrA S91 (mutée) associées à une susceptibilité ou résistance à la ciprofloxacine
  • PlexPCR® VHS : test RT-qPCR multiplex pour la détection en un seul puit du virus Herpès simplex 1 (HSV 1), du virus Herpès simplex 2 (HSV 2), du virus Varicella zoster (VZV) et de Treponema pallidum
  • PlexPCR® HSV-1&2, VZV : test RT-qPCR multiplex pour la détection en un seul puit du virus Herpès simplex 1 (HSV 1), du virus Herpès simplex 2 (HSV 2) et du virus Varicella zoster (VZV)
  • PlexPCR® SARS-CoV-2 : test RT-qPCR multiplex pour la détection en un seul puit de deux cibles (RdRp/ORF1ab) du virus SARS-CoV-2 avec contrôle interne basé sur l’ARN
  • PlexPCR® RespiVirus : test RT-qPCR multiplex pour la détection en 2 puits de 11 virus respiratoires cliniquement pertinents : Influenza A, Influenza B, Rhinovirus (A & B), Virus respiratoires syncytiaux (A & B), Métapneumovirus humain, Adénovirus, Virus parainfluenza humains 1, 2, 3 & 4

Le 3 janvier 2023, la société SpeeDx a signé un accord de distribution avec la société BIOSAPIENTIA pour la commercialisation en France de l’ensemble de ses solutions RT-qPCR.

References: 1. Bradshaw CS et al. PLOS ONE 2008;3(11):e3618. 2. Bissessor M et al. Clin Infect Dis. 2015;60(8):1228-36. 3. Read TRH et al. Clin Infect Dis. 2017;64(3):250-256. 4. Read TRH et al. CID 2019; 68(4):554-560 5. Couldwell DL et al. Sex Transm Infect. 2018 Mar 22. pii: sextrans-2017-053480. doi: 10.1136 6. Jensen J, Cusini, M, Gomberg, M. 2016 European guideline on Mycoplasma genitalium infections. 7. Horner PJ et al. 2016 European guideline on the management of non-gonococcal urethritis. 8. Australian STI Management Guidelines – Mycoplasma genitalium 2018. 9. Soni S et. al. British Association for Sexual Health and HIV national guideline for the management of infection with Mycoplasma genitalium (2018) 10. Groupe Infectiologie Dermatologique et Infections Sexuellement GRIDIST and Société Fançaise de Dermatologie – Press Release. Available online at: https://www.sfdermato.org/actualites/communique-commun-gridist-et-sfd.html 11. Centers for Diesease Control and Prevention STI Treatment Guidelines, 2021 Mycoplasma genitalium. Available online at: Groupe Infectiologie Dermatologique et Infections Sexuellement GRIDIST and Société Fançaise de Dermatologie – Press Release. Available online at: https://www.sfdermato.org/actualites/communique-commun-gridist-et-sfd.html 12. Baumann L et al. Sex Transm Infect 2018;94:255-262. 13. Manhart LE et al. Am J Public Health. 2007;97(6):1118-25. 14. Bradshaw CS et al. J Infect Dis. 2017;216 (suppl_2):S412-S419. 15. Soni S. Sex Transm Infect. 2010 Feb;86(1):21-4. 16. ResistancePlus® MG Instructions for use 17. Tan LY et al, PLOS ONE. 2017; 12(1): e0170087. 18. https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-07/rapport_igb.pdf

Les kits ResistancePlus® MG sont développés et fabriqués par la société SpeeDx Pty Ltd, Sydney. PlexPCR®, ResistancePlus® & SpeeDx® sont des marques déposées de SpeeDx Pty Ltd. Les autres droits d’auteur et marques de commerce sont la propriété de leurs propriétaires respectifs. Les produits SpeeDx Pty. Ltd. peuvent être couverts par un ou plusieurs brevets locaux ou étrangers.

Visitez www.plexpcr.com/patents pour des informations complètes sur les brevets.

 

JIB 2022

BIOSAPIENTIA sera présent aux Journées de l’Innovation en Biologie (JIB 2022) les 1er et 2 Décembre 2022 au Palais des Congrès de Paris. Venez découvrir sur notre stand nos solutions innovantes pour le Diagnostic Moléculaire et les Examens de Biologie Médicale Délocalisée (Stand #50)

Prévention du cancer du col de l’utérus : Le dépistage, une arme efficace pour lutter contre le papillomavirus

Le Papillomavirus Humain (HPV), en quelques mots

Le papillomavirus humain (HPV) est un virus responsable d’Infections Sexuellement Transmissibles parmi les plus fréquentes. Ce virus est très contagieux, on estime qu’environ 70% à 80% des hommes et des femmes sexuellement actifs rencontreront un papillomavirus au moins une fois dans leur vie. La transmission du papillomavirus se fait essentiellement par contact sexuel, même sans pénétration. Le contact peau à peau des organes sexuels peut suffire à contaminer le partenaire. Le risque de contamination est maximal au début de l’activité sexuel chez l’homme ou la femme. Dans la majorité des cas, l’infection est éliminée spontanément par l’organisme et ne provoque aucune maladie. Mais dans environ 10% des cas, elle devient « persistante » et peut provoquer différents types de lésions précancéreuses et évoluer au fil du temps en cancers. Ces cancers touchent les zones intimes des femmes et des hommes (vulve, vagin, col de l’utérus, anus et pénis) mais aussi des voies aérodigestives supérieures (bouche et gorge) (1). Une grande majorité des cancers du col de l’utérus (plus de 95 %) est due au papillomavirus humain.

Le Cancer du Col de l’Utérus, données épidémiologiques

Le cancer du col de l’utérus est le quatrième cancer le plus courant chez la femme dans le monde, on estimait à 604 000 le nombre de nouveaux cas et à 342 000 le nombre de décès en 2020. En France métropolitaine, le nombre de nouveaux cas de cancer du col de l’utérus (CCU) a été estimé à 2 920 en 2018. Le CCU est responsable de plus de 1 000 décès chaque année en France et représente la 12ème cause de mortalité par cancer chez les femmes. Les trois quarts des cas sont diagnostiqués chez des femmes jeunes, âgées de 25 à 64 ans. Le taux de couverture du dépistage est insuffisant : environ 60 %, pour un objectif de taux de couverture dans la population cible de 80 %. (2)

Le Papillomavirus Humain, qu’est-ce que c’est ?

Le papillomavirus humain est un virus à ADN appartenant à la famille Papillomaviridae (du latin papilla signifiant bouton et du grec –ome désignant un caractère tumoral) et au genre Papillomavirus. C’est un virus à un tropisme cutanéomuqueux responsable de lésions bénignes de la peau et des muqueuses (verrues, condylomes…) ou de cancers cutanés ou muqueux (notamment le cancer du col de l’utérus).

Ces petits virus (55 nm) à ADN sont les seuls représentants de la famille des Papillomaviridae. Leur génome est un ADN double brin circulaire d’environ 8 000 paires de bases, enroulé sur lui-même et protégé par une capside protéique de symétrie icosaédrique (72 capsomères) non enveloppée. Le virus est très résistant aux modifications de pH et de température, ce qui favorise sa persistance dans le milieu extérieur. Le génome viral code huit protéines, dont E1, E2, E4, E5, E6 et E7 qui sont impliquées dans la multiplication du virus, et L1 et L2 qui sont les constituants de la capside. La protéine L1, à fort potentiel immunogène, est utilisée dans le développement des vaccins. E6 et E7 sont les principales protéines impliquées dans la cancérogenèse. (3)

Il existe différents types de HPV selon leur cible anatomique et leur potentiel oncogénique. On dénombre à ce jour plus de 150 génotypes différents d’HPV. La plupart des types de HPV infectent les épithéliums cutanés et peuvent causer des verrues cutanées courantes. Environ 40 types infectent les épithéliums muqueux ; ceux-ci sont classés en fonction de leur association épidémiologique avec le cancer du col de l’utérus.

Une infection par les types de HPV à bas risque (HPV-BR, i.e. non oncogènes), tels que les HPV 6 et 11 par exemple, peut provoquer des anomalies bénignes des cellules cervicales, des verrues génitales ou condylomes et des papillomes laryngés.

Les types de HPV à haut risque (HPV-HR, i.e. oncogènes) agissent en tant que carcinogène dans le développement du cancer du col de l’utérus et d’autres cancers ano-génitaux ou oropharyngés. Les HPV-HR sont la cause de quasiment tous les cancers du col de l’utérus. Le type 16 est la cause d’environ 50 % des cancers du col utérin dans le monde et les types 16 et 18 la cause d’environ 70 % des cancers du col utérin. Si l’on considère les sept génotypes à haut risque inclus dans le vaccin anti-HPV nonavalent (HPV 16, 18, 31, 33, 45, 52 et 58), ce pourcentage passe à 90 %. Douze HPV sont aujourd’hui classés comme des agents cancérogènes avérés (HPV 16, 18, 31, 33, 35, 45, 52, 58, 39, 51, 56, 59) et un 13ème HPV, HPV 68, est un cancérogène probable. Ces 13 types de HPV à haut risque peuvent causer des anomalies des cellules cervicales de bas grade, de haut grade, ou des lésions précancéreuses du col utérin. Ils sont détectés dans 99 % des cancers du col utérin. (2)

infection papillomavirus

Prévention des infections à Papillomavirus

La vaccination contre les infections à Papillomavirus humains (HPV) était recommandée depuis 2007, en France, essentiellement chez les jeunes filles. Depuis le 1er janvier 2021, les recommandations s’appliquent également à tous les garçons. Pratiquée avant le début de la vie sexuelle, l’efficacité de la vaccination pour empêcher l’infection par les HPV inclus dans le vaccin est proche de 100% (4). La vaccination ne protège pas contre tous les HPV liés au cancer du col de l’utérus. C’est la raison pour laquelle le dépistage doit être réalisé tous les trois ans de 25 ans à 65 ans, que l’on soit vaccinée ou non. (4)

Dépistage du Papillomavirus Humain

La Haute Autorité de Santé (HAS) a émis des recommandations de santé publique en juillet 2019 sur le dépistage primaire du cancer du col utérin, rapport intitulé : « Évaluation de la recherche des papillomavirus humains (HPV) en dépistage primaire des lésions précancéreuses et cancéreuses du col de l’utérus et de la place du double immunomarquage p16/Ki67 ». Ces recommandations ont notamment déterminé la séquence test de dépistage primaire – test de triage. L’acte de dépistage ainsi recommandé par la HAS en première intention chez les femmes de plus de 30 ans est le test HPV à ADN, autrement dit la détection de l’ADN des génotypes d’HPV à haut risque (HPV-HR) impliqués dans le développement du cancer du col de l’utérus. Le test HPV à ADN bénéficie depuis d’une prise en charge financière par la collectivité. La détection de l’ADN de HPV peut se faire sur un prélèvement réalisé par un clinicien ou sur auto-prélèvement (APV), ce dernier étant recommandé chez les femmes non dépistées ou insuffisamment dépistées. (2)

Solutions BIOSAPIENTIA pour le dépistage du Papillomavirus Humain

BIOSAPIENTIA propose plusieurs kits de PCR en temps réel pour le dépistage du Papillomavirus Humain :

Kits RT-PCR

 

(1) https://papillomavirus.fr/sinformer/infections
(2) HAS • Détection de l’ARN des papillomavirus humain (HPV) à haut risque dans le cadre du dépistage primaire du cancer du col utérin • décembre 2021
(3) Encyclopaedia Universalis France
(4) https://vaccination-info-service.fr/Les-maladies-et-leurs-vaccins/Les-Infections-a-Papillomavirus-humains-HPV